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桓温北伐，是东晋时期将领桓温分别于永和十年(354年)、永和十二年(356年)及太和四年(369年)发动北伐北方十六国的战役。但除了第二次北伐成功收复洛阳，其余两次皆被击退，成效不大。
陶侃平定了苏峻的叛乱以后，东晋王朝暂时获得了安定的局面。这时候，北边却乱了起来。后赵国主石虎死了以后，内部发生大乱，后赵大将冉闵称帝，建立了魏国，鲜卑族贵族慕容皝建立的前燕又灭了冉魏。公元352年，氏族贵族苻健也乘机占领了关中，建立了前秦。朝廷趁北方大乱令殷浩北伐，后殷浩失败，大权归桓温，于是桓温开始了有名的三次北伐。
1、第一次北伐
陶侃平定了苏峻的叛乱以后，东晋王朝暂时获得了安定的局面。这时候，北边却乱了起来。
后赵国主石虎(石勒侄子)死了以后，内部发生大乱，公元352年，氐族贵族苻健也乘机占领了关中，建立了前秦。
永和五年(349年)，后赵皇帝石虎去世，其后诸子争位，后赵国内混乱。其时东晋朝中就已经准备北伐，并由征北大将军褚裒主持北伐，但以失败告终。后赵大将冉闵称帝，建立了魏国，史称冉魏;前燕慕容皝又灭了冉魏。而桓温在当时亦随即移屯安陆，屡次上表请求北伐，但因其平灭成汉后威望太高，朝廷不愿桓温北伐成功而令威名更盛，于是在褚裒北伐以后提拔殷浩继续准备北伐，对桓温的上请不作回应。
同时，北方氐人苻健于永和六年(350年)入关，并于次年建立前秦，至永和八年(352年)称帝。前秦建国后多次与东晋作战。及至永和九年(353年)殷浩发动北伐，目标是前秦控制的洛阳，正是试图利诱前秦将领梁安及雷弱儿叛秦，乘关中混乱，前秦驻洛阳的军力入援之机进取洛阳。
然而，殷浩是个只有虚名、没有军事才能的文人。他出兵到洛阳，被羌族人打得大败，死伤了一万多人马，连粮草武器也丢光了。桓温又上了道奏章，要求朝廷把殷浩撤职办罪。晋穆帝没办法，只好把殷浩撤了职，同意桓温带兵北伐。
永和十年(354年)二月己丑日，桓温自江陵率四万步骑北伐，取道武关入关，又命水军自襄阳进至南乡郡;同时梁州刺史司马勋亦经子午道北伐前秦。桓温先派别军进攻上洛，俘获前秦荆州刺史郭敬，于是进击青泥城。前凉秦州刺史王擢见司马勋攻略前秦西部，于是进攻陈仓以作响应。
前秦皇帝苻健面对桓温大军北伐，派遣太子苻苌、丞相苻雄等人率兵五万驻屯峣柳以作抵抗。四月己亥日，桓温在蓝田县与苻苌等军大战，虽然苻生单骑突陈杀伤不少晋兵，但晋兵在桓温的统率下仍大败秦兵;同时桓冲又在白鹿原击败苻雄军。桓温在大败前秦军队后就继续向长安进发，进据灞上。当时苻苌等军退屯城南，苻健于是尽发精兵三万人，在大司马雷弱儿等人率领下与苻苌会合，只留六千老弱士兵留守长安小城。
当时前秦首都长安危急，三辅各郡县都来向桓温归降，桓温安抚并让居民恢复原来生活。当时居民又争相以牛酒劳军，又夹道观看前来的军队，老人更流着泪说：“不图今日复睹官军。”面对这个形势，顺阳太守薛珍劝桓温直逼长安，但桓温不听从，驻屯灞上后就没有进渡灞水，一直与前秦军相持，并打算收割当地的麦子作军粮以继续对峙。
但苻雄先率七千骑进袭司马勋，并在子午谷击败他。后又与诸军在白鹿原与桓温大战，杀晋兵万余人。而当时前秦更抢先一步收割麦子，而且坚壁清野，令桓温陷入缺粮困境。在战事不利和缺粮之下，桓温唯有在六月丁丑日迁关中三千多户人南归。苻苌见桓温退兵，更领兵追击，至潼关时已屡败晋军，伤亡数以万计。冠军将军邓遐一人殿后射伤苻苌，前秦军大惧，不敢再追，晋军才得以安然返回荆州。当时薛珍以桓温被逼退兵，当众称许自己之勇而指责桓温太慎重，于是被桓温指使邓遐所杀。
另一方面，进攻陈仓的司马勋和王擢虽攻破陈仓，但亦被苻雄、苻法、苻坚父子三人所败，司马勋退回汉中而王擢回略阳。北伐至此结束。
2、第二次北伐
永和七年(351年)，后赵灭亡，后赵将领姚弋仲降晋，其子姚襄亦随父归降，皆获东晋遥封官职及爵位。次年姚弋仲死，姚襄依从父亲遗命南奔东晋，驻屯谯城。永和八年(352年)，姚襄在谢尚兵败后退屯历阳，并大行屯田及训练将士。然而因为殷浩忌惮姚襄，竟多次派刺客刺杀他，又派魏憬意图偷袭他，最终令姚襄决心叛晋。永和九年(353年)，姚襄就于殷浩北伐期间临阵叛晋，倒伐攻击殷浩，不但令殷浩北伐失败，更盘据淮河一带，在盱眙建立根据地。
永和十年(354年)，江西流民郭敞等人在东晋侨置陈留郡的堂邑叛乱，捕掳陈留太守刘仕向姚襄归降。因着临近东晋赖以自守的长江天险，于是令东晋朝廷十分震惊，立刻加强对京师建康的防守。然而，姚襄没有南进，反倒北归，趁东晋调兵防守建康，于是轻松攻下许昌。
原本降晋的周成又于永和十年叛晋，进据洛阳。姚襄据许昌后就于永和十二年(356年)起兵进攻洛阳。
另一方面，完成第一次北伐而回荆州的桓温多次上表请求迁都洛阳，修复在洛阳的皇家园陵，当时朝廷畏惧桓温权势无人敢阻拦，唯有孙绰上书终于拦下此事。随后又升桓温为征讨大都督，督司、冀二州诸军事，专委讨伐姚襄之任。而因此就促成桓温发动第二次北伐。
桓温于永和十二年(356年)在江陵起兵，先遣督护高武据鲁阳，辅国将军戴施驻屯黄河上，以水军进逼许昌和洛阳，更请徐、豫二州派兵经淮泗入黄河协助北伐。桓温自己则从后领兵作众人继援。
八月己亥日，桓温到达洛阳城南的伊水，久围洛阳不破的姚襄于是撤去围城军，转而抵抗桓温，并在伊水水北的树林中埋伏精兵，试图诱使桓温率兵后退，在其后退时派伏兵突击。然而桓温拒绝姚襄后退的请求，姚襄意图依伊水而战，而桓温则结阵向前进攻，更亲身披甲督战，于是大败姚襄，姚襄逃到洛阳北山，及后更与余众西奔并州，桓温未能追及。
随后，周成以洛阳向桓温投降。桓温及后留兵戍守洛阳，并且置陵令，修复各个皇陵后就押著周成及带着三千多家归降的平民南归。第二次北伐至此结束。
3、第三次北伐
桓温在第二次北伐成功收复洛阳后声望提高，先于升平四年(360年)进爵南郡公，后更在兴宁元年(363年)进大司马、都督中外诸军事、录尚书事，正式掌握朝政。次年更授桓温扬州刺史，令桓温掌握京畿地区军事。桓温虽然内镇扬州，然而原本所都督的荆、江二州亦交由其两个弟弟桓豁及桓冲掌握，由此桓温基本上集东晋全国军政大权于一身，仅未能掌握徐、兖二州所在的京口及豫州等兵力。
另一方面，原本名义上臣服于东晋的前燕在其君主慕容俊在永和八年(352年)称帝自立后，就多次与东晋发生战事。前燕更多次派兵进攻洛阳，虽勉强能守着洛阳，但河南诸郡除洛阳外其实都被前燕所夺。东晋终在兴宁三年(365年)失去洛阳。司冀等地皆失于前燕后，前燕又进攻兖州等地，于太和元年(366年)又夺取鲁郡和高平郡，甚至曾南侵至竟陵郡。虽然被竟陵太守邓遐打退，但实力膨胀可见一斑。
面对前燕不断的军事行动，桓温亦希望以北伐提高自己声望，以图实现自己野心，登上帝位;又因前燕慕容恪于太和二年去世，桓温于是决意进行北伐，打算打败前燕后回朝受取九锡，终篡夺东晋政权。
太和四年(369年)，桓温上请北伐，并请与徐、兖二州刺史郗愔、豫州刺史袁真及江州刺史桓冲一同出兵。郗愔是在庾希因救援高平及鲁郡不力而被弹劾免职后受桓温所推，然而其实桓温一直觊觎郗愔部下驻京口的军队，心中很不愿由郗愔统率这些部众。当时郗愔之子郗超是桓温心腹，明白桓温心思后就假作父亲书信，将父亲的徐兖二州刺史的职位让给了桓温，令桓温十分高兴。至四月庚戌日，桓温终自所镇的姑孰领五万人出兵前燕。
桓温北伐至兖州，当时郗超顾虑汴水因战乱久未浚治，认为会影响漕运，但桓温不听。直至行军至金乡时就因天旱而令水军不能继续前进。桓温当时就命毛穆之开凿河道，引水令桓温水军得以继续前进，终成功进入黄河。
然而，郗超又进言，认为桓温入黄河之法是逆着水流而进，与东晋基地距离又远，难通漕运，担心前燕会拒守不战，令晋军陷入粮道断绝，无军粮继续北伐的困境。郗超于是建议桓温尽率全军直击前燕国都邺城，不论前燕逃回辽东后方、拒守邺城或出战与东晋决一胜负皆有利于北伐进展;另郗超又提议一个较稳健的策略，建议桓温守着河道，控制漕运，一直储蓄粮食，直至明年夏天方才继续进攻。郗超又认为若果不速战速决，当战事拖延至秋冬后，水量减少而北方早降温的客观条件之下，会令到晋军更难维持。但桓温都不听从。
桓温随后派桓玄攻取湖陆，更俘获慕容忠。前燕所派慕容厉率步骑二万进攻，邓遐于黄墟大败敌军。之后邓遐、朱序又在林渚击败燕将傅颜，前燕高平太守徐翻更投降东晋。前燕于是再派慕容臧率诸军抵抗桓温，但都失败。至此前燕黄河以南，虎牢关以东领土全部为东晋所有。前燕见此，唯有派人向前秦求救。
七月，前燕汉人孙元率宗族党众起兵响应桓温，桓温于是移屯枋头。当时前燕皇帝慕容暐和太傅慕容评对战事发展都十分恐惧，打算北逃回辽东。但当时慕容垂自己请求进击桓温，慕容暐于是让慕容垂代替慕容臧率众抵抗桓温。同时，慕容暐又以虎牢以西的土地赂诱前秦派兵救援前燕，在王猛的支持下，苻坚于是在八月派苟池及邓羌率步骑二万救援前燕。
当时前燕司徒长史申胤就认为桓温“骄而恃众，怯于应变。大众深入，值可乘之会，反更逍遥中流，不出赴利，欲望持久，坐取全胜。”预料当晋军粮运出现问题时就会不战自败。当时，桓温以昔日归降东晋的段思为向导，前燕尚书郎悉罗腾却击败桓温军，生擒段思。另桓温所派的李述亦被悉罗胜和染干津所杀，令晋军士气下降。同时，桓温早前命袁真攻打谯国和梁国，意图开石门水道以通漕运，但袁真攻取二郡后慕容垂令慕容德率所有骑兵围攻袁真，使其不能开通水道，自己在枋头与桓温对峙，使其不能救援。
九月，前燕开始反击，慕容德率一万兵与刘当驻屯石门，李邽以五千豫州兵断绝桓温粮道。慕容宙则以一千兵设计击败晋军，杀伤大量晋兵。桓温见战事不利，又因粮食将竭，更听闻前秦援兵将至，于是在九月丙申日焚毁船只，抛弃辎重，循陆路退军。只留毛穆之为东燕太守。桓温经仓垣南归，途中凿井取水饮用。
当时前燕诸军亦有追晋军，但慕容垂认为桓温新退必然提高警觉，并以猛将邓遐率精锐殿后，不如待晋军见燕军未至，专心从速南退时才大举追击，于是只领八千骑兵从后缓缓跟随。数日后，慕容垂见晋军加快速度，于是加速追击，并在襄邑追及桓温。另一向面，慕容德已经领四千骑兵率先在襄邑设伏，于是桓温在襄邑受两军夹击，晋军大败，死了三万兵。苟池所率的前秦兵亦在谯国邀击桓温，杀伤又以万计。十月己巳日，桓温收拾散卒，驻屯山阳。叛归东晋的孙元在武阳据守，但都被前燕所擒。第三次北伐至此结束。
桓温北伐，为其带来极大声望，尤其第二次北伐收复洛阳后，桓温曾在隆和元年(362年)请迁都洛阳，并让昔日南渡江左的士庶一律北徙。虽然当时洛阳正受前燕所攻，侨姓士族更加是不愿放弃南方北归，但因朝廷畏惧桓温，竟然没有人敢首先出言谏止，而只有孙绰敢上疏反对。当时朝廷更打算派侍中劝止桓温，可见桓温在当时的威望极高，足以动摇朝廷。
然而，桓温北伐其实得不到举国同心支持，故申胤才有言：“晋室衰弱，温专制其国，晋之朝臣未必皆与之同心。故温之得志，众所不愿也，必将乘阻以败其事。”第三次北伐大败而回，就已令桓的威望大降，只仍因其权倾朝野，故此促使他放弃外讨增加名望，转而对内行废立，于是桓温在太和六年(371年)废黜晋废帝，并且诬陷武陵王司马晞等人，遂更令其威势比皇室更盛。然而，始终因为此败，桓温无法达成其篡位计划，始终受制于王坦之和谢安等士族人士。桓温大败后，北伐之事亦再没进行。
桓温虽在第二次北伐夺回洛阳，但进兵时占据的司、兖、青、豫地区其实在桓温班师后就被前燕所陷，数年后洛阳亦得而复失，可见战果其实不甚持久。
桓温在第三次北伐后耻于大败，将罪责归于未能开通石门水道的袁真。袁真不甘心被诬，于是向朝廷申诉，然而朝廷怯于桓温而不敢处理，袁真于是以寿春降燕。桓温直至太和六年才平定。
桓温北伐过后，东晋的北伐行动亦暂告一段落，而前燕与前秦亦因第三次北伐合作而派使者互相往来。然而，前燕使者郝晷见燕政不修而前秦大治，竟向王猛透露前燕虚实。另外，慕容暐后悔当日割虎牢以西土地的承诺，竟然反悔不给，于是触怒前秦天王苻坚，开始进攻前燕。前燕终在前秦的军事行动下亡于前秦。前秦渐渐崛起。
人物生平
谯国龙亢桓氏沦为刑家，在西晋并非高门望族。桓彝南渡后交结名士，跻身江左八达之列，并“志在立功”，曾与明帝密谋平定王敦之乱，使得家族地位有所上升。桓温是桓彝长子，未满周岁时便得到名士温峤的赞赏，因此以“温”为名。
桓温为人豪爽，姿貌伟岸，风度不凡，后娶南康长公主为妻，加拜驸马都尉，并袭父爵为万宁县男。咸康元年（335年），桓温出任琅琊内史（相当于太守）。后加辅国将军。
永和元年（345年），庾翼病逝，临终前请求让儿子庾爰之接掌荆州，但辅政的侍中何充却推荐桓温。丹杨尹刘认为桓温确有奇才，但亦有野心，不能让其掌握荆州形胜之地。他建议会稽王司马昱自领荆州，但司马昱却不肯采纳。同年八月，桓温升任安西将军、荆州刺史，持节都督荆司雍益梁宁六州诸军事，并领护南蛮校尉，掌握了长江上游的兵权。
桓温出镇荆州后，打算西伐占踞巴蜀的成汉政权，以建立功勋。而当时的成汉正日渐衰微，皇帝李势更是荒淫无道。江夏相袁乔对此极力赞同，建议桓温率领一万精兵轻军速进，直攻成都。同时，他认为北方的后赵政权不敢趁机进犯，以打消桓温的顾虑。桓温遂决定伐蜀。
永和二年（346年）十一月，桓温上疏朝廷，请求伐蜀，但未等朝廷回复，便与征虏将军周抚、辅国将军司马无忌率军西进。他命袁乔率二千人为前锋。朝廷得知后，忧虑不已，认为他兵力过少，又深入险要偏远的蜀地，担心他最终会兵败而回。唯有刘认为桓温必能灭蜀。 永和三年（347年）二月，桓温兵至青衣（今四川名山北）。李势命将领李福、昝坚率大军赶赴合水，以抵御晋军。汉军诸将欲在江南设伏，昝坚却从江北鸳鸯琦渡江，向犍为（今四川彭山东）开进，结果与晋军异道而行。同年三月，桓温兵至彭模（今四川彭山东南），留下参军周楚、孙盛看守辎重，自己亲率步兵直趋成都。李福回军袭击彭模，被孙盛等人击退。而桓温则三战三胜，击败李权等部汉军，进逼至成都城下。
昝坚赶到犍为，未遇晋军，便从沙头津（今四川新津南）渡江还军，却得知晋军已攻至成都城外十里陌，因此不战自溃。李势只得集结所有兵力，在成都城外的笮桥与晋军决战。当时战况惨烈，晋军前锋失利，参军龚护战死，汉军的箭矢甚至射到了桓温的马前。诸将皆惧，意欲退兵，而鼓吏却在这时误击前进鼓。袁乔乘势督促军士奋战，终于反败为胜，大败汉军。桓温趁胜攻入成都，并焚毁小城。李势乘夜逃走，远遁九十里，最终决定投降。桓温接受投降，将李势送往建康。成汉政权至此灭亡。
桓温平蜀后，在当地举任贤能，援引贤才为己用，将成汉旧臣王誓、王瑜、邓定、常璩等人辟为参军，成功安抚蜀地。但王誓、邓定不久便举兵叛乱，最终都被晋军讨平。桓温在蜀地留驻一个月，便班师返回江陵（今湖北江陵）。永和四年（348年），朝廷封赏平蜀之功，欲封桓温为豫章郡公，却被尚书左丞荀蕤劝止。最终，桓温被封为征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公。
逼废殷浩
平蜀之战使得桓温声名大振，朝廷忌惮不已，担心他日后难以控制。会稽王司马昱只得让扬州刺史殷浩参与朝政，以期能对桓温有所抑制。桓温虽有不满，但因熟知殷浩为人，知其难有作为，对此并不担心。当时，桓温治下有八州之地，自行招募军卒、调配资源，逐渐形成半独立状态，渐露不臣之心。朝廷对他已不能征调如意，但求羁縻而已。因国中无事，君臣尚能相安。
永和五年（349），后赵皇帝石虎病死，北方形势大乱。桓温立刻上疏朝廷，请求北伐，但却始终未得回复。永和七年（351年）十二月，桓温再次“拜表辄行”，率五万大军顺流而下，至武昌（今湖北鄂城）而止。朝廷为此惊恐不安，殷浩也打算辞官避让。司马昱亲自写信给桓温，极力劝阻，终使桓温率军还镇，返回荆州。后来，朝廷又拜桓温为太尉，被桓温拒绝。
此后两年间，殷浩数次北伐，欲进据洛阳，修复园陵，但却屡次战败。军需物资更被掠夺殆尽，朝野怨恨不已。永和十年（354年）正月，桓温上奏朝廷，列举殷浩罪状，迫使朝廷将殷浩废为庶人。从此，朝廷内外大权尽归桓温，朝中已无人再能阻止桓温北伐。
永和十年（354年）二月，桓温率军北伐前秦。他亲率步骑四万自江陵出发，由水路自襄阳入均口（今湖北均县西），然后自淅川（今河南淅川东）直趋武关（今陕西丹凤东南），同时命梁州刺史司马勋兵出子午道，合击秦军。晋军历经数次血战，生擒前秦将领郭敬，击退淮南王苻生，顺利进入关中。前秦皇帝苻健命苻苌、苻雄、苻菁等将领率五万军队屯兵柳（今陕西商县西北），以阻挡晋军。
同年四月，桓温转战至灞上（今陕西西安东）。苻苌等部秦军退守长安城南，苻健自领羸兵六千固守内城，附近郡县更是纷纷来降。桓温抚喻百姓，使其安居复业。关中百姓牵牛担酒沿路迎接，许多老人更是疼哭失声：“没想过今天还能再次见到官军！”
桓温进入关中时，正值麦收时节，他就打算就地收麦，以解决军粮问题，于是屯兵不前。苻健闻听晋军收粮，猜到恒温军中粮草不足，遂采取坚壁清野的方式，使得晋军粮秣不继。六月，桓温被迫撤返江陵，并将关中三千多户百姓一同迁走。秦军随后趁势追击，晋军大败，伤亡甚众。
桓温北伐期间，隐居关中的王猛曾前来拜见，并大谈当世之事，旁若无人，深得桓温的赏识。桓温撤退时邀请王猛一同南下，并任命他为高官督护。但王猛却不肯跟随，留在了北方。
二伐姚襄
永和十二年（356年）二月，桓温数次上表，请求朝廷移都洛阳，修复园陵，但都没有得到朝廷同意。不久，朝廷拜桓温为征讨大都督，都督司、冀二州诸军事，负责征讨事宜。七月，桓温自江陵出兵再次北伐，并命督护高武据守鲁阳（今河南鲁山），辅国将军戴施屯驻河上，进逼许昌、洛阳。同时，他上疏朝廷，请求徐、豫二州出兵淮、泗，进入黄河，以配合作战。
同年八月，桓温兵至伊水（在今洛阳城南）。羌族首领姚襄正围困洛阳，闻桓温来攻，撤军而回，在伊水之北拒水而战。桓温亲自披甲督战，命晋军结阵而进，终于大破姚襄，收复洛阳。他进入金墉城，拜谒先帝皇陵，并设置陵使修复皇陵。不久，桓温班师南回，并将三千多家归降百姓南迁至长江、汉水一带。
桓温返回荆州后，先后命部将剿平蛮贼文卢、妖贼李弘，将首级传送建康（今江苏南京）。但与此同时，收复的司隶、豫州、青州、兖州等地再次失陷。升平四年（360年），朝廷封桓温为南郡公，并将其原有爵位临贺郡公降为县公，封授给其次子桓济。
移镇姑孰
隆和元年（362年），前燕将领吕护进攻洛阳。河南太守戴施弃城而逃，冠军将军陈遣使告急。五月，桓温派竟陵太守邓遐率三千人协助守城，再次上表要求迁都洛阳，并建议将永嘉之乱后流亡江南者全部北徙，以充实河南之地，皆被朝廷驳回。后来，朝廷又以交州、广州偏远为由，免去桓温的交广二州都督，改授其为都督并司冀三州诸军事。桓温上表推辞。
兴宁元年（363年），朝廷加授桓温为侍中、大司马、都督中外诸军事、假黄钺，赐其羽葆鼓吹一部。二年（364年），桓温率水师进驻合肥，准备北伐。五月，朝廷进封桓温为扬州牧、录尚书事，遣侍中颜旄宣旨，召其入朝参政。桓温以中原尚未恢复为由推托。朝廷不许，再次征桓温入朝，但当桓温赭圻（今安徽繁昌西）时，却又尚书车灌前来制止。桓温遂驻军赭圻，上表辞去录尚书事一职，只遥领扬州牧。
兴宁三年（365年），前燕再次攻打洛阳，陈出逃。司马昱得知，与桓温在洌洲（在今安徽和县）会面，命他移镇姑孰（今安徽当涂），准备征讨之事，但最终因晋哀帝驾崩而作罢。太和三年（368年），桓温获加殊礼，位在诸侯王之上。遂驻军赭圻，上表辞去录尚书事一职，只肯遥领扬州牧。
三伐前燕
太和四年（369年）三月，徐兖二州刺史郗致信桓温，表示愿意与他共同辅佐王室，请求率部出河上。当时，北府兵卒悍勇，桓温不愿让郗掌握京口（今江苏镇江）重镇。郗之子郗超为桓温参军，暗中将原信毁掉，并以父亲的名义伪造信件，自称老病，请以闲职休养。桓温便顺势改任郗为会稽内史，自领徐兖二州刺史，兼并了郗的军队。 同年四月，桓温亲率步骑五万，与江州刺史桓冲、豫州刺史袁真一同北伐前燕。他率军攻湖陆，擒获燕将慕容忠，进逼金乡。当时正逢大旱，水道不通，桓温便让人在钜野开凿水路三百里，使船只由清水进入黄河。郗超建议桓温尽率全军直击前燕国都邺城，或者坚守河道，控制漕运，储蓄粮食，直至明年夏天再继续进攻。他认为如不速战速决，当战事拖延至秋冬后，在水量减少而北方早降温的客观条件之下，会令晋军更难维持。但桓温全都不听。
七月，燕国大将慕容垂、傅末波等人率八万大军前来抵抗晋军，两军对峙于枋头（在今河南浚县）。桓温命袁真进攻谯、梁，并打开石门水道。但袁真始终无法开通石门，最终晋军军粮耗尽。九月，桓温焚毁战船，退军而去。慕容垂率八千骑军追赶，与晋军战于襄邑（今河南睢县西）。桓温大败，死伤三万人。
桓温兵败后，退至山阳（今江苏淮安），收集散卒，并将战败之罪委于袁真。他上疏朝廷，请废袁真为庶人。袁真不服，据寿春（今安徽寿县西南）叛变，并暗中勾结前秦、前燕。朝廷不但不敢追究桓温的兵败之责，还命侍中罗含带着牛酒到山阳犒劳桓温，并任命其子桓熙为豫州刺史。后来，桓温又移镇广陵（今江苏扬州）。
太和五年（370年）二月，袁真病死，部将朱辅拥立其子袁瑾为豫州刺史。前燕、前秦都遣军援助袁瑾，桓温命部将竺瑶、矫阳之率军迎战。燕军先至，在武丘（今河南沈丘东南）与竺瑶交战，结果大败而回。同年八月，桓温率二万军队攻打寿春，并筑起长围，将城池团团围困。袁瑾只得婴城固守。
太和六年（371年），前秦将领王鉴、张蚝率军援救袁瑾，结果被桓温部将桓伊、桓石虔（桓温之侄）击败。不久，桓温攻破寿春，俘获袁瑾，将袁瑾、朱辅及其宗族数十人全部送往建康斩首。袁瑾妻女被赏赐将士，所侍养的数百乞活军则被活埋。从此，豫州彻底落入桓温之手。桓温掌握了进入建康的锁钥。
废帝立威
桓温自负才能过人，久怀异志，因此发动北伐希望先建立功勋，然后回朝接受九锡，从而夺取政权。但因第三次北伐失败，声望大减，图谋不成。寿春之战后，桓温曾问郗超道：“这次胜利能雪枋头兵败之耻吗？”郗超则表示不能，并建议桓温效仿伊尹、霍光，废立皇帝，以重立威权。桓温遂决定废黜皇帝司马奕。
太和六年（371年）十一月，桓温带兵入朝，威逼褚太后废除司马奕的帝位。他诬称司马奕因阳痿不能生育，让宠臣相龙、计好、朱炅宝等人与后宫美人私通，所生三子将冒充皇子建储为王。褚太后只得集百官于朝堂，下诏废司马奕为东海王。而后，桓温亲率百官至会稽王邸，迎司马昱入朝，拥立为帝，是为晋简文帝，改元咸安。
晋朝开国百余年，从未发生废立之事。桓温擅行废立，不仅令百官震栗，自己也紧张不已。前秦皇帝苻坚对此不以为然，他道：“桓温此前败于灞上，而今又败于枋头，十五年内两次使国家军队遭受重大打击。不但不反思过错，向百姓谢罪，竟还废黜君主。六十岁的老叟如此举动，如何自容于天下？”
清除异己
桓温废立后，对朝中的异己力量大加废徙。
武陵王司马好习武事，又在朝中担任太宰重职，素为桓温所忌。桓温以“聚纳轻剽，苞藏亡命”为由弹劾司马，免去司马与其子司马综、司马囗的官职，让他们返回封地。后来，桓温又逼新蔡王司马晃自首，称与司马、司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人谋反，将他们收付廷尉，请予诛杀。简文帝不许。最终，司马、司马晃被废为庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人都被族诛。
颍川庾氏是高门望族，势力强盛，庾希、庾倩等兄弟六人皆为朝中显贵，深为桓温所忌。庾倩、庾柔被诛后，庾蕴饮鸩自尽，庾希则与弟弟庾邈、儿子庾攸之逃入海陵（今江苏泰州）陂泽。青州刺史武沈是庾希表兄，暗中为他供应粮饷。庾友因儿媳桓氏是桓温侄女，得到求情，最终得以幸免。
咸安二年（372年），桓温得知庾希兄弟的踪迹，派军队搜捕。庾希遂与武沈之子武遵在海边聚众抢夺船只，乘夜攻入京口，赶跑晋陵太守卞耽。他们打开监狱，放出数百囚徒，发放兵器，宣称奉密旨除桓温。卞耽逃往曲阿（今江苏丹阳），征发诸县乡兵两千人，与庾希对抗。庾希战败，退守城池。桓温又命东海太守周少孙征讨。周少孙攻克京口，擒获庾希等人。最终，庾希、庾邈、武遵以及子侄、部众全被斩于建康。
桓温诛除庾氏，威势极盛。侍中谢安见而遥拜，更以君臣称作二人关系。而简文帝虽被立为皇帝，但却形同傀儡，常担心被桓温废黜，甚至向郗超询问桓温是否会再行废立。郗超以家族百口担保不会再发生政变，简文帝这才稍微安心。
拒不入朝
简文帝继位不久，便进封桓温为丞相，留其在京师辅政。桓温辞让不受，率军返回白石（今安徽当涂西），还镇姑孰。后来，简文帝又派侍中王坦之征召桓温，请其入朝辅政，并增食邑万户。桓温再次推辞。
咸安二年（372年）七月，简文帝病重，急召桓温回朝，并在一昼夜内连发四道诏书。桓温仍推辞不肯入朝。简文帝只得传下遗诏，让桓温摄政，效仿周公。但侍中王坦之却据理力争，将遗诏中的“摄政”改为“辅政”，依照诸葛亮、王导旧例。随即，简文帝驾崩。桓温原以为简文帝临死会禅位给自己，或让自己摄政，而今大失所望，怨愤不已。
简文帝驾崩后，群臣惧于桓温，不敢拥立太子，都认为应请桓温决定。尚书仆射王彪之极力反对，太子司马曜方才得以继位，是为晋孝武帝。褚太后认为孝武帝年幼，且正在居丧期间，再次提议让桓温摄政，结果被王彪之阻止。后来，孝武帝又命谢安征桓温入朝辅政，并加其前部羽葆鼓吹，赐武贲六十人。桓温仍旧辞让，既不接受，也不入朝。
桓温回到姑孰后，病渐沉重，但仍逼朝廷加其九锡之礼，并多次派人催促。谢安、王坦之见桓温病重，以袁宏所撰锡文不好为由命其修改，借此拖延。同年七月，桓温姑孰病逝，终年六十二，至此锡文仍未完成。朝廷追赠桓温为丞相，谥号宣武，丧礼依照安平献王司马孚、霍光旧例，又赐九旒鸾辂、黄屋左纛等物。
桓温死后，将兵权交付弟弟桓冲，南郡公爵位则由幼子桓玄袭封。世子桓熙不服，遂与叔父桓秘、弟弟桓济谋杀桓冲，结果被桓冲发觉，都被流放长沙。元兴二年（403年）十一月，桓玄代晋称帝，建立桓楚，追尊桓温为宣武皇帝，庙号太祖，墓为永崇陵。
主要成就
东晋政权地处上江下游，若欲长治久安，必须依赖上游的巴蜀地区。只有上游可靠，下游才会安全。蜀灭于魏，孙吴遂难自保，“一片降幡出石头”，东晋不可不鉴。巴蜀地区战略地位重要，则消灭成汉政权也就势所必然。
永和二年（346年）十一月，桓温率军西征，并于次年（347年）三月攻克成都，逼降成汉末代皇帝李势，随即又平定李势旧部邓定、隗文的反叛。成汉政权割据蜀地四十四年，至此而亡。西征的胜利，不但使桓温威名日盛，也为日后的北伐行动提供了稳固的后方，增强了国力。
北伐中原
东晋立国江东，南方汉族政权及其统治下的汉族广大人民与北方少数民族统治者之间的民族矛盾，成为当时历史的主要矛盾。自王导提出“克复神州”的口号后，庾亮、庾翼、褚裒、殷浩都曾率军北伐，希望能收复故土。而桓温在掌控朝廷内外大权后，也开始了他的三次北伐，史称“桓温北伐”。
永和十年（354年），桓温北伐前秦，兵锋直指霸上，逼得前秦皇帝苻健退守长安内城。永和十二年（356年），桓温进兵河南，在伊水击败羌帅姚襄，收复旧都洛阳。但他太和四年（369年），桓温北伐前燕，一直打到枋头，距前燕国都邺城只有二百多里，还收复了淮水以北的广大地区，可惜最终以失败告终。
桓温三次北伐是王导“克复神州”口号的付诸实践，恢复了部分失地，打击了氐族、羌族、鲜卑族的统治者残暴统治，并以实际行动支持了北方各族人民的反压迫斗争，这些是符合当时中原人民愿望的。
桓温在进行北伐的同时，深感朝廷“外难未弭，内弊交兴”，曾提出著名的《七项事宜疏》：
寻访隐逸之士：两晋时期，很多志士仁人修身自保，“藏声江海之上，卷迹嚣氛之表”。仅据《晋书·隐逸列传》记载，桓温便曾先后推荐、拜访孟陋、谯秀、瞿硎先生。
辟举寒门士人：车胤的父亲只是一名郡主簿，但因学习刻苦，能辨识义理，得到桓温所重，被辟为从事。
重用中级士族子弟：习凿齿只是荆楚乡豪出身，却因“博学洽闻，文笔著称”，被桓温辟为从事。
敬重高门士族中贤达而有才干的人：谢安是晋代名相，出身谢氏高门，早年隐居不出，桓温数次征召，终于将他请出，加以重用。此外，袁宏、顾恺之等人皆是高门出身，都曾得到桓温的器重。
对新征服地区，从“行阵”、“亡虏”之内提拔贤良：桓温平蜀后将成汉旧臣王誓、王瑜、邓定、常璩等人辟为参军。
女儿
桓温的女儿见诸史册的有三人：
<ol class=""custom_num" para-list="" list-paddingleft-1"=""> 桓伯子，嫁王恺（出身太原王氏，王坦之之子）。
桓氏，嫁王敬弘（出身琅琊王氏，晋陵太守王茂之之子）。
桓氏，嫁殷仲文（出身陈郡殷氏，吴兴太守殷康之子）。
史籍记载 《晋书·卷九十八·列传第六十八》
桓温的父亲桓彝为东晋尽忠，死于苏峻之乱。桓温少年丧父，在艰苦的环境中长大。后来娶了南康公主，任琅邪内史。桓温和庾翼是好友，两人相约宁济海内。庾翼非常看重桓温，曾经向晋成帝推荐桓温，认为桓温有雄才大略，希望皇帝予以重视。庾翼有北伐中原的志向，在准备北伐的时候，曾派桓温为前锋小督，率军入临淮。后来庾翼没来得及实施北伐行动就死了。由于桓温这时已经显示了才能，很多人都认为应该由他统率庾翼的部众，镇守荆楚。东晋永和元年，朝廷下令以徐州刺史桓温为安西将军、持节、都督荆、司、雍、益、梁、宁六州军事、领护南蛮校尉、荆州刺史。
永和二年，桓温孤军深入，经过千里转战，一战破敌，灭亡了氐族建立的成汉，俘获成汉皇帝李势。这样的胜利在东晋建国以来是空前的，大大振奋了东晋朝野的民心士气。但是桓温的胜利有着一定的偶然因素，在笮桥之战中，东晋军一度处于溃败的边缘，不是袁乔等人在关键时刻的奋战，桓温将遭到惨败。尽管如此，桓温定谋伐汉的果断，对袁乔意见的及时采纳，在关键时刻的身先士卒和镇定，都充分展示了桓温的军事才能。但桓温这种孤注一掷的冒险成功，为他以后的北伐失利埋下了伏笔，胜利使他忽视了这次行动中策略上的缺陷。桓温并没有注意对已占领地区的巩固，和对当地人民的充分安抚。在他返回江陵以后，益州并没有就此平定。
桓温建立大功，朝廷加封桓温为征西将军、开府仪同三司，封临贺郡公。谯王司马无忌加封为前将军。袁乔被封为龙骧将军，封湘西伯。桓温灭亡成汉，建立大功，威名大振，朝廷不能信用，反而猜忌于他。会稽王司马昱与素有盛名的扬州刺史殷浩交接，参与朝政，欲与桓温相抗衡。双方的矛盾逐渐加深。成汉的灭亡，应该是东晋趁民心士气大振，振作进取的机会，但是朝廷上的内耗却不能使这个胜利起到他应有的作用。
东晋永和五年，后赵主石虎死，后赵宗室争权，国内大乱。正是北伐兴师的大好机会。桓温出屯安陆，派遣诸将经营北方。后赵扬州刺史王浃以寿春城投降东晋，西中郎将陈逵进占寿春。征北大将军褚裒上表请伐赵，朝廷恐褚裒深入不利，宜持重。而褚裒以为应该迅速出兵，以造成声势。于是朝廷加封褚裒为征讨大都督，都督徐、兖、青、扬、豫五州军事。褚裒率领三万人马，前进到彭城，声威所至，北方士民降附者日以千计。朝野以为中原指日可复，只有光禄大夫蔡谟不这么认为，他认为这次北伐主帅才略不足，不但不能成功，而且还有引起朝廷的内乱。不出蔡谟所料，褚裒派遣部将王龛、李迈率领精兵三千接应鲁郡归附的民众，结果遭到了后赵南讨大都督李农两万多骑兵的攻击，在代陂全军覆没。褚裒被迫撤退到广陵。陈逵得到报告，大为恐慌，惟恐遭到后赵的进攻，焚毁了寿春囤积的物资，破坏了寿春城后逃走了。褚裒自请处分，朝廷不许，只是解除了他征讨大都督的职务，让他镇守京口。当时河北大乱，北方的遗民二十多万渡过黄河想归附东晋。由于褚裒的失败后退，是遗民得不到接应，在路上死亡殆尽。梁州刺史司马勋取得了一些进展，他趁后赵内乱之机，从驼谷出击，攻破了长城、贺城，威逼长安，三辅的民众有五万多人起而响应，但是司马勋兵力不多，看到后赵的人马依然很多，不敢深入，在攻破宛城以后，又撤回了梁州。褚裒回朝以后，听到阵亡将士家属的哭诉，惭愤而死。
永和六年，后赵大将军冉闵大肆杀戮后赵宗室以及胡人和羯人，自称魏国皇帝，后赵的许多将领割据一方，并不听命于冉闵。东晋看到中原大乱的机会，再次打算北伐。任命扬州殷浩为中军将军、假节、都督扬、豫、徐、兖、青五州军事；任命归附的苻洪(氐人，原名蒲洪)为氐王、持节、征北大将军、都督河北诸军事、冀州刺史、广川郡公。苻健(原名蒲健)为假节、右将军、监河北征讨前锋诸军事，襄国公。东晋虽然有北伐的志向，然而放着善战的桓温不用，派遣的殷浩并不善于军事，而苻洪等人却很有野心，趁着北方大乱的机会，进图关中，然后以关中为基地，东进争夺天下。所以苻洪等人虽然接受东晋的官爵，但暗地里也接受后赵的官职，打算乱中取利。
殷浩连年北伐，连年失利，损失了大量的军资器械。桓温乘着朝野上下对殷浩的怨言，上书请罢免殷浩，朝廷不能不罢免了殷浩，流放他到东阳之信安。从此，桓温得以独揽大权。殷浩本来少年与桓温齐名，而心里并不服桓温，桓温也轻视殷浩。不过桓温还是认为殷浩有文臣之才，只是不善于军事，朝廷完全是用人不当，想提拔殷浩为尚书令，以显示他的度量，桓温给殷浩写信，殷浩回信作答，但是殷浩此时已经有点神经质了，总是害怕信中有错，结果反复将信拆了几十次，最后竟送了一封空函给桓温，桓温大怒，与殷浩绝交，殷浩最后死在东阳。殷浩有文才，但是他没有军事才能，最要命的是，他不能用人，不能笼络人才。他对姚襄的处理，除了激化矛盾以外，对姚襄一点作用也没有。就算他暗杀了姚襄，姚襄的部众更会起来造反，也会酿出大乱子。而朝廷用殷浩牵制桓温的办法更是糟糕，殷浩连年失利，损失很大，也错过了几次北伐的有利时机。当桓温能够独揽大权，全力北伐的时候，前秦和前燕已经在北方有了一定的基础，北伐的难度加大了。
当北方混乱的局势渐渐稳定，东晋所面临的主要敌人是占据关中的前秦和已经平定了河北挺进到河南的前燕。前燕的慕容家族曾经奉东晋为主，但是当他们实力强大，地盘扩张了以后，慕容俊就自己当起了皇帝。而统治凉州的张祚表面上还是东晋的臣子。桓温在独揽大权以后，要推进北伐的事业，前燕刚刚灭亡了冉魏，兵势很盛，而前秦由于张遇之乱，关中有不少人起兵反秦，而在前秦的背后，还有凉州的人马可以策应东晋。于是，桓温选择了前秦作为这次北伐的目标。东晋永和十年，桓温统率步骑兵四万从江陵出发。水军从襄阳入均口，到达南乡，步兵从淅川直取武关。桓温又命令梁州刺史司马勋出子午谷攻击前秦，作为偏师，策应主力的进攻。桓温的部队精锐，来势十分凶猛。桓温的部将首先在攻取了上洛，生擒前秦荆州刺史郭敬，又攻破了青泥。司马勋攻掠前秦西部边境，而凉州方面的秦州刺史王擢也进攻陈仓呼应桓温的北伐。三面夹攻的态势，趋势令前秦的局势岌岌可危。秦主苻健派遣太子苻苌、丞相苻雄、淮南王苻生、平昌王苻菁、北平王苻硕率领五万大军在尧（左边一个山，右边一个尧）柳迎击桓温，企图先一举击破桓温的主力军。晋军和秦军在蓝田大战，前秦淮南王苻生骁勇异常，单骑突阵，在晋军中来回冲杀了十几次，杀伤了很多晋军将士。桓温毫不示弱，亲自督阵，率领晋军力战，最后秦军大败，遭到很大损失，太子苻苌也被流矢射中，负了重伤。桓温的弟弟将军桓冲在白鹿原也击败了苻雄统帅的部队。桓温一路转战，推进到灞上，直逼长安城下。苻苌率领败兵退守长安城南，秦主苻健率领老弱六千坚守长安内城，将能够调集到的三万精兵由大司马雷弱儿统率，与苻苌的所部会合，一起防御桓温。面对桓温凌厉的攻势，苻健不能不采取了坚守的策略。桓温的声威所及，三辅的郡县都来请降，桓温抚谕居民，是他们各安本业，民众纷纷持牛酒犒劳晋军，观赏晋军的军容，不时有遗老流泪感叹：不想今天又能看到官军的到来。前秦在坚守长安的同时，苻雄统率七千精骑在子午谷袭破了司马勋，司马勋守女娲堡。而凉州方面，王擢攻破了陈仓，斩杀了秦扶风内史毛难。隐居华阴的北海人王猛，博学多才，有大志而不拘小节，他听到桓温入关的消息，去见桓温。王猛在桓温面前一边捉虱子，一边高谈阔论，桓温暗暗称奇。他问王猛：我奉天子的命令，率领十万大军为百姓除害，而三秦豪杰没有人来投效，这是为何。王猛回答：阁下转战数千里，深入敌境，离长安咫尺而不渡灞水，百姓不明白阁下的意图，所以不来。这番话，一针见血，直指桓温的内心深处，桓温默然了半天，然后说：江东没有超过阁下这样的人才呀。他任命王猛为军谋祭酒。桓温又与苻雄在白鹿原交战，这次晋军失利，损失了上万人。桓温悬军深入，后勤补给跟不上，他本来打算在关中就地取粮，而秦主识破了桓温的意图，事先把麦子割了，坚壁清野，晋军缺乏粮草，不能不后退。桓温带着关中民众三千多户一起班师，他想带王猛一起走，王猛推辞了。关中的反秦势力呼延毒也率领部众一万多人随桓温一起撤退。苻苌率领秦军在后面不断追击。等晋军退到潼关，又损失了上万人。而苻雄也在陈仓击败了司马勋和王擢，司马勋撤退到汉中，王擢退到略阳。桓温对前秦的北伐行动最终失败了。
桓温注重了夺取益州的经验，所以这次北伐，果断的孤军深入，企图速战速决。但是前秦不比成汉，前秦的内部比成汉稳定，而且前秦在初战失利以后，采取了坚壁清野的正确策略，打算疲惫晋军。而桓温没有注重后勤的问题，所以相持以后，粮草缺乏的弱点就暴露了出来。他屯兵灞上，并不是不想攻破长安，而是企图等前秦反击，与前秦决战，一举消灭前秦的主力，就象和成汉在成都城下决战一样。因为灭亡前秦，可以让他获得更大的威望，而并非后来人评价的那样，屯兵灞上全然是他的野心所致。苻健还是比较老练的，他采取了坚守的策略，不上桓温的当。而王猛的话，是委婉的劝桓温果敢的深入，如果桓温乘着蓝田战胜的威势，果断攻打长安，前秦有土崩瓦解的危险。桓温屯兵灞上的时候，顺阳太守薛珍也劝桓温直取长安，桓温不听，薛珍率领所部人马独自深入，取得了不少战果。桓温撤退了，薛珍也不能不撤退。后来薛珍向人们宣扬自己的勇猛认为桓温的持重误事，被桓温杀了。而由薛珍的行动可以看出，深入是非常可行的策略。但是桓温顾虑粮草的问题，也顾虑前秦凭借城池顽抗，打算屯兵灞上，一边招降周围的郡县，一边就地筹措粮草，然后再做进取。这样的延误，让秦军恢复了士气，导致了晋军最后的失利，本来形势大好的北伐行动，也因为桓温的战略谋划失误而失败了。王猛弃桓温而去，桓温杀死薛珍，都暴露了桓温的弱点，他并不善于听取别人的意见，也不能很好的用人，太相信自己的能力。而这些，都会给他以后的北伐行动，带来不利的后果。
东晋永和十年，江西（文章中的江西不是现今的江西省，而是指东西流向的长江段以西的土地，大约是安徽一带）流民郭敞等上千人劫持了陈留内史刘仕，归附了姚襄。这一举动震动了建康，东晋朝廷急忙派军队沿长江设防，做好了防守京城的准备。姚襄的部下多劝他回到北方，姚襄同意了。东晋永和十一年，姚襄在外黄攻打冠军将军高季，高季突然病死了，姚襄占据了许昌。东晋永和十二年，桓温上了十余道奏章请东晋朝廷移都洛阳，修复园陵，朝廷不给答复，只是拜桓温为征讨大都督，督司、冀二州诸军事，讨伐叛将姚襄。姚襄的反叛，实在是有损东晋朝廷的颜面，所以要出兵讨伐。而此时的姚襄，正在围攻占据洛阳的周成，周成拼命坚守，姚襄不能攻取。桓温再次从江陵出师北伐，派遣督护高武进据鲁阳，辅国将军戴施屯兵河上，他自己率领大军继进。桓温与幕僚登平乘楼北望中原，桓温感叹：使神州沦陷，百年丘墟，王夷甫诸人不能不承担这个责任。记室袁宏说：兴衰都有定数，怎么都是是人的过错。桓温激动的说：昔日刘表有千斤重的大牛，食量是普通牛的十倍，但是它负重走远路，还不如一头小牛犊，曹操进入荆州，就把大牛杀了犒赏将士。桓温发出的这些感叹了，除了对兴亡的感慨，还表达了对当权人物的不满，愤慨他们没有收复失地的雄心，还阻挠自己的北伐。桓温前进到伊水，姚襄不能不停止对洛阳的围攻，他将精兵埋伏在水北的树林中，派使者对桓温说：今天阁下亲自率领大军前来，我应该立刻归降，希望阁下让军队稍微后退一点，我就会出来迎接阁下。桓温回答：我这次是来收复中原，修复先帝的陵墓，和阁下没有关系。如果阁下想来拜见，就在眼前，何必烦劳使者呢？姚襄企图麻痹桓温，没有成功。于是姚襄在水边列阵企图顽抗，桓温披甲上阵，亲自督战，指挥晋军向前猛攻，姚襄大败，损失了数千人，姚襄率领部下的几千骑兵逃到了洛阳北山，后来又奔往平阳，最后死于与前秦的交战之中。桓温率领部队前进到洛阳，周成开城投降，桓温拜祭了先帝的陵墓，设置了护陵官员，修复了被毁坏的陵墓。桓温推荐镇西将军谢尚都督司州诸军事，镇守洛阳。谢尚还没有到任，桓温留下颍川太守毛穆之、督护陈午、河南太守戴施率领二千人马驻守洛阳，迁移归附的民众三千多家于长江、汉水之间，桓温带着周成，率领大军回到了荆州。
这次北伐，由于前秦和前燕尚未争夺中原地区，而姚襄的实力相对薄弱，所以比较成功。桓温请求东晋朝廷还都，有些操之过急，南迁的移民在江南一带已经生活了很长时间，情况已经稳定，而中原地区久经战乱，生产遭到了很大的破坏，人口稀少，粮食还需要从江汉地区运过去，暂时不具备还都的条件。而桓温显然也没有做好长期经营中原的准备，他如果仿效祖逖的策略，从北方来的流民中招募人员，在中原地区进行屯田，一边慢慢恢复生产，一边训练军队，先巩固在中原的北伐基地，等有了一定的基础，然后在上书请求还都，情况就不一样了，即使不能还都，他也可以把北伐的前进出发地从荆州推进到洛阳一带。但是桓温只重视自己在荆州的地盘，没有考虑经营中原的意见，虽然这次北伐收复了这一战略要地，但是后来也没有发挥多大的作用。前燕的势力逐渐扩大，在徐州方面屡次与东晋交战，东晋胜少负多，处于不利的境地。东晋的徐州刺史荀羡一度攻取了山茌，很快就遭到前燕的反击，丢失了城池。荀羡在任的时候，尚能勉强和前燕相持。而荀羡离任以后，东晋在中原的防务更是无人主持。接替谢尚担任豫州刺史的谢万，是个恃才傲物的清谈高士，根本没有统军的才能，从来不激励安抚将士。王羲之曾经给桓温写信，认为让他担任军职，根本是用人不当。王羲之还给谢万写信，劝他接近将士，与将士同甘苦，谢万根本不与理会。而朝廷出于不让桓家掌握太大权力的考虑，还是把这么重要的军职授予了谢万。谢万的哥哥谢安也深为担忧，他劝谢万应该笼络部下的将领，让他们感悦。谢万到是召集了部将，但是一句话也不说，只是拿玉如意指着在座的将领说：诸位将军都是劲卒。这样的话只能让将领感到侮辱，对谢万更加怀恨。谢安没办法，只能给他擦屁股，谢安对队帅以下的将校，都亲自接见，加以笼络，给谢万准备后路。东晋升平三年，泰山太守诸葛攸率领水陆大军两万进攻前燕，进入石门，屯兵河渚，前燕上庸王慕容评、长乐太守傅颜率领步骑兵五万在东阿迎击诸葛攸，晋军大败。东晋又派谢万率领人马屯兵下蔡，徐州刺史郗昙屯兵高平，准备北伐前燕。谢万率领人马进入涡河、颍河以增援洛阳，偏巧郗昙生病了，不得不退回彭城。谢万认为燕军很强，自己孤军不能轻进，郗昙既然撤退了，立刻也准备撤退，结果部下乘机溃散了。谢万自己狼狈而逃，他部下的将士本打算乘机把他干掉，总算看在谢安的面子上，饶了他一条小命。东晋朝廷把谢万贬为平民，连累郗昙也降为建武将军。这样不战而溃的结果使许昌、颍川、谯、沛诸多地方被前燕攻占。真是想不明白东晋朝廷的用人，明明有殷浩这样的前车之鉴，却偏偏又用了谢万这样的人，丢失了大片的土地。
生平四年，桓温派弟弟桓豁率领人马攻取许昌，击破了前燕将军慕容尘所部。东晋隆和元年，前燕将军吕护攻击洛阳，河南太守戴施逃到宛城，洛阳守将陈佑只有千余人马，急忙向朝廷告急。桓温派遣庾希和竟陵太守邓遐率领水军三千增援洛阳。桓温上疏朝廷请求迁都洛阳，请把永嘉之乱以来迁移江南的民众全部北移，以充实河南。著作郎孙绰上疏谏止：他认为桓温此举虽然是深谋远虑，但是操之过急，北方移民在江南已经生活了数十年，扎下了根基，而中原地区一片废墟，环境险恶，如果强行迁移，必然会引起很大混乱。不如派遣有能力有声望的将领镇守洛阳，先经营河南地区，等漕运之路开通，屯田有了一定的积蓄，敌人远避，中原地区有了一定的基础，然后再谈论迁都的问题。孙绰的意见是非常合理的，但是桓温却不能采纳，还怪孙绰多事。朝廷上一片反对的意见，最后这个事情不了了之。孙绰的意见是可以考虑的，奈何东晋朝廷偏安江南，根本不做这个打算。而桓温虽然有北伐的大志，却缺乏长期经营的耐心，没有祖逖的眼光，如果能用好北方的流民将是大有作为的，后来谢玄的北府兵就是招募北方流民中的骁勇之士。吕护攻击洛阳不克，遭到东晋军队的反击，中流矢阵亡，前燕军队退回了黄河以北。邓遐进屯新城，西中郎将袁真进屯汝南，运输粮米五万斛以供应洛阳，东晋总算保住了洛阳。前燕镇南将军慕容尘攻击陈留太守袁披于长平，汝南太守朱斌乘虚袭占了许昌。东晋隆和二年，前燕派太傅慕容评、龙骧将军李洪夺取河南。李洪首先攻打许昌、汝南，在悬瓠击败晋军，颍川太守李福战死，汝南太守朱斌逃到寿春，陈郡太守朱辅退守彭城，桓温派西中郎将袁真等抵御前燕的进攻，桓温率领水军进屯合肥，前燕攻取了许昌、汝南、陈郡，将万余户民众迁移到幽、冀两州，留下镇南将军慕容尘镇守许昌。前燕太宰慕容恪再次攻打洛阳，先招抚了洛阳附近的地方豪强，然后派遣将领屯兵于洛阳周围的地区，截断东晋救援的道路。沈劲因为父亲沈充死于逆乱，决心立功雪耻。燕军进逼洛阳，守将冠军将军陈佑部下才有两千多人，沈劲请求赴军前效力，东晋任命沈劲为冠军将军长史，统率自己招募的千余志愿兵前往增援洛阳。沈劲屡次以少敌众，击破燕军的进攻。但是洛阳已经成为孤城，粮尽援绝，陈佑估计洛阳不能坚守，以救援许昌的名义，留下沈劲率领五百人防守洛阳，自己率领其余人马离开洛阳。沈劲不但不为险恶的处境而担忧，反而高兴的说：我的志向就是为国献身，今天终于得到了这个机会。许昌已经陷落，陈佑逃到了新城。前燕将军悦希率领军队夺取了河南剩下的城池。东晋隆和三年，司徒司马昱得知陈佑已经放弃了洛阳，和已经担任大司马的桓温商量北伐的方略，反击前燕的进攻，偏偏在这个关键时刻晋哀帝死了，北伐的事情不能不耽搁下来。而这时候慕容恪、慕容垂已经统帅大军包围了洛阳，开始了围攻，沈劲进行了顽强的抵抗，但是兵力实在是太单薄了，最后城破被俘，不屈而死。至此，桓温上次北伐收复的失地，又再次丧失了。前秦苻坚杀秦主苻生以后即位，得到王猛的辅佐，国力渐渐强盛。太和元年，前秦辅国将军王猛、前将军杨安、扬武将军姚苌等人率领两万人马进攻东晋的荆州，遇到荆州刺史桓豁的抵抗，前秦掠走了安阳的万余民户撤退了。前燕抚军将军下邳王慕容厉又进攻兖州，攻克了鲁、高平等数郡。东晋的南阳督护赵亿占据宛城向前燕投降，前燕派南中郎将赵盘率军从鲁阳进入宛城。前燕的慕容尘又进犯竟陵，被太守罗崇击败。荆州刺史桓豁、竟陵太守罗崇攻破了宛城，赵亿仓皇逃跑，赵盘退守鲁阳，晋军跟踪追击，在雉城击破燕军，生擒了赵盘，东晋收复了宛城。在以后的几年中，东晋的边境比较平静，东晋太和四年，桓温开始了他的第三次北伐，他率领步骑兵五万从姑孰出发。桓温从兖州出发北伐，郗超以为：道路太远，汴水也太浅，漕运难通。桓温不听。桓温到达金乡，天旱，水道断了，桓温派冠军将军毛虎生凿巨野三百里，引汶水会于清水。桓温乘船从清水进入黄河，舟舰延续几百里，军容很盛。郗超又向桓温进言，他认为从清水入黄河，难以通运，如果敌人坚守不战，粮道又被切断，又不能因粮于敌，处境是非常危险的。郗超向桓温献上速战和持重两策。速战，则以大军向邺城急进，敌人可能畏桓温威名，望风逃跑。如果出城迎战，则胜负可以立决。如果敌人坚守邺城，而是盛夏，百姓散在野外，尽为晋军所有，易水以南都会归附晋军。但是此计太急，胜负难料。如果持重，则屯兵河上，掩护漕运，等物资储备完成，明年夏天再晋军，虽然时间迟了一点，但是可以保证成功。除此二策，仓促北上，深入而不能与敌迅速决战，退必疲乏。敌人坚守不出，等到了秋冬季节，水浅漕运更难通。北方又非常寒冷，晋军又缺少冬衣，到了那个时候，恐怕不单是一个缺乏粮食的问题了。郗超所献两策，都是考虑了晋军北伐的后勤问题，可谓是切中了要害，但是桓温都没有听。桓温派建威将军檀玄攻克了胡陆，生擒了前燕宁东将军慕容忠。前燕又以下邳王慕容厉为征讨大都督，率领步骑兵两万迎战晋军于黄墟，前燕军又大败，慕容厉脱身独逃。前燕高平太守徐翻举郡投降。晋军前锋邓遐、朱序又在林渚击败燕将傅颜。前燕又派乐安王慕容臧率领人马抵挡桓温，慕容臧也接连失利，前燕赶快派散骑常侍李凤向前秦求援。
按：实现统一是困难的，以东晋的北伐为例。桓温在简文帝实施北伐时，不积极北上，东下武昌争权。攻打关中时停驻灞水，坐失战机。不去和司马勋联合攻打长安，让敌军各个击破，把司马勋打败后，回军二战白鹿原，大败桓温，导致这次北伐失利。执行北伐的将领的观念和目的决定了北伐的成败，桓温是以个人利益为基础，自然不会把实现统一作为理想。而且对积极要求攻打长安，渡河取得战果的薛珍，陷害打击。后来任用不善于作战的谢万领军，与简文帝任用谢万为刺史抗衡，以拉拢谢氏为目的，不是以国事安危为目的，不顾王羲之劝阻，都反映了他的个人野心，尽管最终让谢安担任了他的幕僚报答人情，但谢万兵败被贬，这种结局也使谢安对桓温产生了芥蒂，认清了他的个人目的。
要不要北伐，要不要派桓温北伐，这是个问题。对桓温的请求，朝廷出于两个顾虑，没答应他。一是祖逖、庾亮他们都北伐过，最后都不了了之，他们不想再折腾了，小朝廷就小朝廷吧，好歹也是个安乐窝。二是担心桓温功勋日盛，难保心生异心，北伐只能更加增加他的军事资本和政治资本，这一点不得不防。
朝廷总体上是不支持北伐的。那个王导的侄儿、书法家王羲之，就是极力反对北伐的官员之一。他反对的理由主要是：一是北伐当求万全，以占得实地，获得人口等实际利益为主，你桓温直捣河洛的主张没多少意义;二是运输的困难，十万之兵，通常须三倍人力的物资后勤，以吴越两州，难以支持长久的补给线;三是东晋的本土兵力不如北方，其将官多为士族袭承，战斗力孱弱，难以取胜。
不过这次机会难得，最后，朝廷来个折中，答应北伐，但不是派你桓温，而是派一直与桓温明争暗斗的殷浩领军北上，晋穆帝企图殷浩凯旋，以封大功，既从北伐中收复一片故土，又好制衡和削弱桓温的势力。
遗憾的是，殷浩是个只有虚名、没有军事才能的文人。他出兵到洛阳，被羌族人打得大败，死伤了一万多人马，连粮草武器也丢光了。朝野上下，对殷浩的质疑与不满因此陡然增多。桓温趁热打铁上了道奏章，要求朝廷把殷浩撤职办罪。晋穆帝没办法，只好把殷浩撤了职，同意桓温带兵北伐。
于是，本是打击桓温的一场阴谋，反而打击了晋穆帝自己。
祖逖北伐是受到后方牵制没成功，庾亮北伐因为对方太强大没成功，殷浩北伐是因为不懂军事没成功，那么桓温呢?能不能成功?在大家的一片质疑声中，桓温开始了他的三次北伐之旅。
第一次北伐是在公元354年，桓温统率四万晋军，从江陵出发，攻打前秦。前秦的开国君主符健也派出五万雄兵奋力抵抗，结果被桓温的雄师打得只剩六千老弱。苻健只得退守长安，一面挖沟筑壕，严防死守，一面转移人口物资，抢收麦田。晋军乘胜追击，进驻霸上，见到晋军，关中民众前往劳军，许多老人更是疼哭失声：“没想过今天还能看到官军!”桓温本已将长安团团围住，只需假以时日便可成功，无奈军粮不济，只得抱恨而归。桓温被迫徙关中三千多户百姓一同撤返江陵。
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