木瓜酶在食品应用方面，主要是利用酶促反应，使食品大分子的营养物质水解成小分子肽或氨基酸，有助于人体吸收，可制成肉类嫩化剂、酒类澄清剂和食品添加剂等。还可水解动物蛋白，制成高级保健品。
由于酶促反应的专一性，使得应用木瓜酶制剂的食品加工过程中副产品极少，便于产品的提纯和回收副产品等作用。除此，木瓜酶还可用来增加豆饼的PDI和NSI值，从而使生产出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、谷类食品和饮料。还可生产脱水豆类、不凝人造黄油及澄清苹果汁等。
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